La justicia indígena es un derecho que tienen las comunas, comunidades, pueblos y nacionalidades indígenas y está reconocida en el artículo 57 de la Constitución de la República, en concordancia con el Convenio 169 de la Organización Internacional del Trabajo, la Declaración de la Organización de las Naciones Unidas (ONU) sobre los Derechos de los Pueblos Indígenas y la Declaración Americana sobre los Derechos de los Pueblos Indígenas.
A pesar de ser un derecho constitucional, el ejercicio de la justicia indígena resulta incomprensible para ciertos sectores de la sociedad ecuatoriana, por lo que a través de la justicia ordinaria se ha usado el derecho penal como herramienta para criminalizar a algunos dirigentes indígenas representativos. En este sentido, la Defensoría del Pueblo conoce de varios casos en donde este accionar se repite, por lo que manifiesta:
A través de su Relatora Especial de los Derechos de los Pueblos Indígenas de la ONU, Victoria Tauli-Corpuz, en su informe preliminar sobre su visita al Ecuador realizada del 19 al 29 de noviembre de 2018, cuestionó al Estado ecuatoriano por limitar el accionar de las autoridades indígenas que ejercen la justicia indígena, aplicando la justicia ordinaria con delitos como secuestro, plagio, daño a la propiedad privada, etc. La Relatora Especial recomendó y solicitó la intervención inmediata del Estado para otorgar la amnistía a los dirigentes indígenas que fueron criminalizados y encarcelados.
Rechaza la criminalización de la que se encuentra siendo víctima Leonidas Iza Salazar, por el caso Chinaló, en donde a través de un proceso de justicia indígena se intentó precautelar los derechos de una pareja de adultos mayores que fueron despojados de su habitación en el cantón Sigchos de la provincia de Cotopaxi. La señora y el señor Ayala, por más de 50 años trabajaron para la hacienda de la Familia Armas y se les otorgó un espacio de tierra para vivir y cultivar; sin embargo, mediante un proceso civil se determinó que ellos no tenían la calidad de propietarios de ese espacio de tierra y se ordenó su desalojo por dos ocasiones, siendo el segundo desalojo violento, puesto que su casa fue quemada, dejándolos en completa vulnerabilidad.
La Defensoría del Pueblo exhorta a las autoridades judiciales a tomar en cuenta el enfoque de derechos humanos y los principios e interculturalidad en el momento de tomar sus decisiones que involucran derechos colectivos a miembros de los pueblos y nacionalidades indígenas; así como las recomendaciones realizadas por la Relatora Especial de los Derechos de los Pueblos Indígenas de la ONU, Victoria Tauli-Corpuz.
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